Después del cierre de la primera página se lanzó una segunda que a los pocos meses también fue cerrada por el FBI. Sin embargo, tras el cierre se produjo la desaparición de un millón de dólares en Bitcoin. Tras varios meses de investigación se ha concretado que fueron dos agentes federales los que se apropiaron de forma ilegal de este dinero que debía ser una prueba en el juicio.
Hay que recordar que estamos hablando de un mercado negro que se escondía detrás de la deep web y que permitía adquirir todo tipo de artículos cuya venta está prohibida o muy restringida, como por ejemplo armas, drogas o cuentas robadas de diferentes servicios. Tras perder el rastro del dinero el FBI comenzó a buscar posibles relaciones del entorno cercano del servicio y comprobó que había dos nombres muy familiares: dos agentes de la DEA.
Según algunas informaciones que no han sido confirmadas por las autoridades, estas dos personas del equipo táctico de narcóticos habrían sido copropietarios del servicio «a la sombra». Tras informarse sobre la operación que se realizaría, horas antes realizaron la transferencia del dinero a otros monederos de Bitcoin, repartiendo esta cantidad de forma más o menos equitativa para no levantar sospechas, sin embargo, las vinculaciones han parecido tan evidentes que han sido descubiertos.
El robo del dinero de Silk Road fue fingido
En mayo de 2013, poco antes del cierre de la primera versión del mercado negro, se produjo un robo de más de 700.000 dólares, desconociendo el paradero de este dinero y relacionando en un principio a hackers chinos con esta acción. Sin embargo, y tras averiguar el paradero del dinero que debía aparecer en el juicio, se ha sabido que este se movió a una cuenta de Mt.gox y que posteriormente fue a parar a dos monederos que son propiedad de los dos agentes de la DEA.